Вероятно, фамилии созданы в церковной среде от нарицательного панафида — народная форма от панихида.В некоторых говорах у этого слова развилось вторичное значение: «длинная не по росту одежда», и так же там говорят «бранно о человеке в длинной неуклюжей одежде».
Фамилии (возможно, иногда еще отчества) отмечены в XV -XVI вв.: Панафидины, крестьяне, 1480, Соль Галицкая Панафидины, 1540, Тверь Буслав Ильич Панафйдин, 1550, Новгород Федор Андреев Понафйдин, новгородский боярский сын, 1577 Воин Иванович Панафйдин, 1594, Новгород.
Это краткая история происхождения и значения фамилии Панафидин.