Из отчеств от прозвищ Перхота, Перхун — так могли прозвать того, кто перхает, т.е. кашляет (в говорах перхун — «кашляющий человек»). Возможно, прозвища были связаны со словом перхотный, имевшим переносное значение «противный, докучливый».
Ср. в говорах «У всякого своя перхота» (т.е. забота), «Ты моя перхота» (т.е. мучишь, беспокоишь, надоел).
Нельзя исключить и возможность образования фамилий от производных форм христианского мужского личного имени Порфирий (см. Парфирьев).
Это краткая история происхождения и значения фамилии Перхотин, Перхунов.